Поселение в устье реки Онеги под названием Погост на море известно с 1137 года. Впервые упоминается[1] как один из множества пунктов для сбора урока в уставной грамоте новгородского князя Святослава Ольговича выданной в 1137 году Софийскому собору о изменении сборов в пользу новгородской епархии. До XVII века Усть-Онега входила в состав Турчасовского стана Каргопольского уезда. Статус города (вначале под названием Онег) поселение получило в 1780 году указом Екатерины II, когда Онега стала уездным городом Онежского уезда.