О себе:Три года Мегатрон странствовал где-то во Вселенной, собирая силы для нового наступления на автоботов. Ему удалось узнать тайну Крови Юникрона, или Тёмного Энергона — вещества, позволяющего оживлять мёртвых трансформеров. С этим знанием он возвращается к десептиконам (к большому разочарованию и досаде Старскрима, вынужденного уступить Мегатрону пост командира). По приказу Мегатрона начинается сооружение космического моста между Землёй и Кибертроном; но мост был взорван автоботами прежде, чем началось полномасштабное вторжение террорконов, а сам Мегатрон вновь исчез[6]. Его считали погибшим, однако вскоре выяснилось, что он жив. Правда, полученные повреждения оказались очень тяжёлыми, и восстановление затянулось; возможно, оно бы и вообще не состоялось, если бы не Бамблби, который, хоть и не по собственной воле, нашёл для Мегатрона потерянный на поле битвы осколок Тёмного Энергона[7]. С его помощью вождь десептиконов залечил свои раны.
Исцелившись, Мегатрон снова взял бразды правления в свои манипуляторы, и первым делом жестоко отлупил Старскрима, который во время его болезни попытался узурпировать власть[8].
В конце первого сезона Мегатрон попытался заключить союз с Юникроном, но затем отказался от своего намерения[9] и в решающем сражении дрался на стороне автоботов, бок о бок с Оптимусом Праймом.
После того, как Прайм использовал силу Матрицы лидерства против Юникрона, он потерял память о целых веках своей жизни, в том числе и о войне с десептиконами, и стал вновь считать себя Орионом Паксом (такое имя он носил до принятия Матрицы). Мегатрон немедленно воспользовался случаем и убедил «Ориона», что они — союзники, а автоботы — их общие враги; вслед за тем он поручил ему работу по расшифровке координат, указывающих местонахождение древних кибертронских артефактов. Однако автоботам удалось вернуть Оптимусу память прежде, чем Мегатрон выведал от него всю нужную информацию. Тем не менее, и полученных сведений оказалось достаточно, чтобы соперничество десептиконов и автоботов получило новый импульс — теперь они стали бороться не только за энергон, но и за обладание могущественными артефактами, не́когда спрятанными на Земле. В конце концов, благодаря Старскриму, в руках Мегатрона оказались четыре самых главных артефакта — Омега-Ключи, с помощью которых можно было восстановить Кибертрон[10].
Однако победа, одержанная над автоботами в конце 2-го сезона, оказалась эфемерной. Несмотря на все усилия, Мегатрону не удалось сохранить достигнутое преимущество — он вынужден был оставить свою наземную базу Даркмаунт, разрушенную объединённым ударом автоботов и людей, и лишился значительной части своего войска (вначале он намеревался восполнить потери за счёт предаконов, но от этого плана пришлось отказаться, так как их слишком трудно было бы удерживать в повиновении). В надежде взять реванш Мегатрон попытался вторично реактивировать Кибертрон, воссоздав Омега-Замок, и для этой цели похитил Рэтчета, врача и изобретателя автоботов. Однако тот, закончив работу, «навёл» автоботов на «Немезиду», да ещё и натравил Предакинга на Мегатрона. В ходе решающего сражения Мегатрон пал от руки Бамблби[11][12].