О себе:рядах лейб-гвардии Литовского полка участвовал в Отечественной войне, отличился в Бородинском сражении[5] (1812); был тяжело ранен и награждён золотой шпагой «За храбрость». По выздоровлении поступил в адъютанты к графу Витгенштейну.
В кампаниях 1813—1814 годов, в Заграничном походе, участвовал в сражениях при Пирне, Дрездене, Кульме, Лейпциге (награждён орденами Св. Владимира 4-й ст. с бантом и австрийским Леопольда 3-й ст.), отличился при переправе через Рейн (награждён баденским орденом Военных заслуг Карла Фридриха), в боях при Бар-сюр-Об и Труа (награждён орденом Св. Анны 2 ст.), отмечен прусским орденом «Pour le Mérite».
По возвращении в Россию вместе с главнокомандующим 2-й армии графом Витгенштейном служил в Тульчине, где располагался главный штаб, а подразделения 60-тысячной 2-й армии были разбросаны по Киевской, Подольской, Херсонской, Катеринославской, Бессарабской, Таврической губерниям.
В 1817 году — штаб-ротмистр, в 1818 — ротмистр. В 1819 году он получил чин подполковника с переводом из гвардии в армию.
Когда весной 1821 года началось восстание греков против турок, Пестель был послан в Бессарабию, в Бессарабскую область, (в Молдавию и Валахию) для собирания сведений о восстании и для переговоров с господарем Молдавии (1821). Пестель трижды по приказу начальника штаба 2-й армии П.Д. Киселёва посещал Бессарабию с целью сбора сведений о событиях в Молдавском княжестве, в том числе о деятельности там Александра Ипсиланти.